世事變幻，朝代興替，從上古的簡陋聚落，到今天繁榮的新市鎮；從古代的軍事重鎮，到中葡屯門之戰，自古以來，屯門，與香港其他地區一樣，已經見盡世情、歷盡滄桑。屯門位於香港新界西部，坐北向南，西面經過珠江口可達珠海澳門；南面對岸就是大嶼山。區內山靈毓秀、巍峨矗立的青山（高五八三米），與東面的九徑山（高五零七米）相峙如門，兩山之間的屯門灣（今稱青山灣）三面環山，是一個天然鉗形避風港，自古以來已是重要港口及軍事據點，並有駐軍守田衛疆，屯門因此得名，意即屯兵之門。屯門的故事，應該從約五千年前說起：
據考古學家研究，遠在新石器時代（公元前四千至一千五百年），屯門青山灣一帶已有少數人口（包括漁民）聚居，且是一個重要但簡陋的早期部落，早期的屯門居民很有可能是由海道而來的，跟據羅香林教授的研究，早期居民可能是越族的土著，而不是來自中原南下的漢族。當時居民的住所非常簡單，可能只是用幾條木柱作為支架，上面以樹枝及獸皮蓋搭而成。當時居民生活極為艱苦，每天忙於捕漁、捕獵及採集野果作食糧，並用石器製造了不少工具與武器。而位於新墟、掃管笏及龍鼓灘的史前期聚落考古發現則可以提供零碎但重要的早期居民活動的證物，包括了石斧、石英環、石箭頭、石錛，帶有網形紋或拍印紋的陶片和古代陶窟的遺蹟。在有文字記載前都不能清楚地顯示屯門及其居民的情況。
漢代時，屯門貿易經濟活動已頗具規模。製鹽、採業均甚發達。更曾設置過鹽官，進行專門的管理。二零零零年三月，政府在掃管笏一個球場內的漢代灰坑中發掘出漢武帝時期的「五銖」銅錢、難得保存的麻布及竹蓆殘片，對研究漢代時期香港地區歷史提供了寶貴的資料。
南北朝時代公元四二八年（劉宋文帝元嘉五年），一位有神力的河北僧人南遊，此人行蹤不定，舉止言談古怪，無人知道他的本名，且常常浮於波濤上，乘坐大木杯渡海，人稱「杯渡禪師」。《佛祖通載》中也有提到杯渡禪師曾以木杯渡水：「神僧杯渡，初出冀州，如清狂者，挈一木杯，渡水必乘之，因號焉。」後來他到屯門修道並在青山的一個大山巖中定居，他的門徒便在巖前興建最迷人的古建築──杯渡庵（後稱青山古寺及於民國初年改建成青山禪院），因而便把山名命為「杯渡山」，而「杯渡山」這個名字就是屯門的第一個名稱，而杯渡庵在當時僅為一間茅屋。從此顯示，佛教在早年已經在屯門區內流傳了。在《新安縣志》《山水略》中記載了杯渡襌師留在杯渡山的「襌蹤」：「杯渡山，海上勝境也。昔宋杯渡禪師住錫於此，因名。山麓石柱二，相距四十步，高五丈，今半折。府志謂昔鯨入海觸折。山腰為杯渡寺，前有虎跑泉，其左則鹿湖、桃花澗、滴水巖、瑞應岩、鶯哥石，後有石佛岩，杯渡石像在焉。佛座後有洞深不可測，有吊鐘樹兩株，環抱巖上，古木千章，鬱然蒼秀。又有蘭花徑，香氣四時不斷。山之巔鐫『高山第一』四字，舊傳為韓愈題。前俯大洋，海水汨沒，杳溟無際，而山中林泉之勝，又覺別有天地矣。」段中所指的吊鐘花為當年屯門的特產，由此可見，當時杯渡山的風景非常秀麗，且很可能仍是一個島嶼，與東面相對的九徑山形成一道海門，為外來船隻進入珠江口的要道，後來因為此海道位於深圳河口，泥沙日漸淤塞，終成陸地。當時廣州已經是中國重要的海上運輸口岸，而中外的船隻在進入珠江前，也多會在屯門停泊補給，然後沿岸直上廣州，回程時也經這條路線。
唐代時（公元六一八至九零六年）大埔海盛產珍珠，採得的珍珠，都集中在屯門這個南方海防門戶待運，為了保護珍珠及保護往來帆船所運載的貨物及御海寇，於是在公元七三三年（唐玄宗開元二十一年）設軍事要塞屯門鎮，設防置兵留守，兵力為劃地設守之邊防軍，至公元七三六年（開元二十四年），屯門有駐軍兵額二千人，屬安南都護府。根據清顧祖禹《讀史方輿紀要》載，公元七四三年（天寶二年）浙江東南海盜吳令光等作亂，並影響永嘉郡，南海太守劉巨麟（亦作鱗）曾調屯門鎮駐兵乘船北上，平定吳令光之亂，可見屯門軍鎮轄地之廣（該書原文記載：「天寶二載，海寇吳光令作亂，南海郡守劉巨麟，以屯門鎮兵討平之」）。唐以後朝代興替，屯門也逐漸成為中國南方對外海上交通的重要樞紐，商舶出海外駛、外船入航中國，都先會在屯門停泊。宋代嘉佑五年（公元一一零六年）編成的《新唐書》卷四十三《地理志》中其中一段引証唐代確曾在這裡駐兵，並以這個地區的功能──屯兵之門──作為地名：「有府二：曰綏南、番禺；有經略軍，屯門鎮兵」，此為香港地名第一次在中國文獻出現。
五代南漢時（公元九一七至九七一年）設靖海都巡，並在北面山麓建軍寨，大寶十二年二月十八日（公元九六九年），南漢主劉鋹敕封屯門為瑞應山，並勒碑紀念，公元九六九年另被名命為聖山。古時山上盛產的吊鐘花跟絕壁上生長的散發蘭花與茉莉花香味的名茶，一向被視為珍品。山上杯渡巖內的杯渡禪師石像，亦為五代時南漢同知屯門鎮陳延在北漢乾祐八年（公元九五五年）命石工所雕刻並安於於杯渡山供奉，現仍獲保存於原地。
宋代（公元九六零年至一二七九年），政府為加強區內海防，還把防務南擴至大嶼山，使之與屯門相呼應，並置巡檢司緝捕海盜。經多年發展，屯門在當時已漸漸成為廣州的外港，當時東南亞、印度與阿拉伯等地船隻往廣州貿易，都會停靠屯門灣等候風訊，灣內千帆並舉，可見古代的盛況；而在陸上，居民多以農務為業，主要種植稻米，也種植蔬菜、水果及茶葉，但僅供自給。
南宋寧宗慶元三年（公元一一九七年），大嶼山、屯門、佛堂門一帶發生暴亂，禍及廣州。從此可見，屯門當時已無駐軍。因為若有駐軍，暴亂不易發生，若真的生亂，定會很快平息，且不會連廣州也受威脅。當時，要動員廣東經略（正名為經略使，宋代於各省，掌管軍事、行政事務）錢之望發兵進剿，觸發一場激戰，結果眾賊大敗。當時，南宋政府備受外患困擾，最大敵人乃長江北岸的蒙古（元）軍，無暇顧及南海地區，故屯門當時已無駐軍。
元代時，蒙古人入主中原，令北方中原的漢人大族紛紛南徒，而遷居於屯門境內的則有廖氏、陶氏。在政治上，屯門設立了巡檢司，管理區內民政。
明朝初期，香港地區屬東莞縣管轄，並建築墩台與汎房分別駐兵。每逢農曆三四月，東南風正盛，來自日本的海盜會屯門一帶及其他水面游弋。明正德九年（公元一五一四年），葡萄牙人曾抵屯門，佔據通往珠江三角洲海道。他們在屯門樹立石柱、上刻葡國徽章、積極經營、殺人掠貨、搶船劫物掠財富，並在屯門登陸及設立營寨，奴役本地居民，擄掠販賣人口，不受明朝官員節制，引起本地人強烈反抗。從他們的來屯門航海圖中所見，他們稱屯門為「踏門」。當時官方文書上曾記載為「番夷佛朗機船隊入寇，佔據了東莞縣屬的屯門島及港澳海道」，這「番夷佛朗機」指的就是葡萄牙。後來在正德十六年（公元一五二一年），爆發了首次中葡戰爭，廣東海道副使汪鈜指揮戰事，終於把葡萄牙人趕往浪白滘，奪回了屯門。欲知此戰過情，請參閱本站欄目「中葡屯門之戰」。
屯門在明朝也持續發展，區內杯渡山（今青山）所產的蒙山茶在當時極為著名，而在山下，亦已盛產海鹽，但由於所產海鹽全歸官賣，民生仍困苦；而在石角咀一帶（今蝴蝶輕鐵站附近），亦有焚煉石灰及蠣灰，用以修補舟縫及黏砌屋牆。萬曆元年（公元一五七三年），新安縣正式成立，屯門改屬新安縣所管。
到了明末清初，珠江河口不斷的遭受海寇和外國船來襲，失去了通商交通的場面，屯門附近的土地就曾經經歷過幾次那種戰場。鄭成功的父親鄭芝龍投降清朝後，被派到華南沿海一帶率領水師游弋，他曾和海盜劉香幾度於屯門及附近地方大戰。
清朝時，屯門是漁農之鄉，清政府在此設屯門寨、墩台，並派有官兵防守，但此時珠江口已經不以屯門為交通要衝，而自南頭至屯門一帶又常為倭寇及海盜等侵犯，因此屯門的重要性比古代大大地減低。清朝統一全國初期，反清力量仍未完全清除，特別是鄭成功擅長水戰的部隊，接連攻陷閩南沿海多個市鎮，聲勢不小。由於不擅陸戰，所以在鄭成功在公元一六六一年退守台灣。康熙元年（公元一六六二年），雖康熙尚未親政，但清政府為斷絕沿海居民與鄭成功的聯繫，康熙輔臣鰲拜連續頒布三道遷界令，嚴格規定廣東居民內遷五十里，房屋土地全部焚毀或廢棄，不准沿海居民出海。遷界使屯門區居民輾轉流離，土地荒蕪，人命經濟損失慘重，也令海盜更猖獗，廣東官員無不痛陳遷界弊病，紛紛要求復界，至康熙八年（一六六九年），才准許復界，居民可遷回原地復業，是康熙皇帝親政後德政之一，惟原居民遷回者不多。
嘉慶年間墩台改為屯門汛房，設千總及把總各一人率士兵共十六人駐守。後來，中英發生了貿易關係，英國商人把大量鴉片由印度運往中國傾銷，其運鴉片的帆船往往停泊在屯門海面。屯門和伶仃島，因此一度成為鴉片走私內地的基地。一八九八年英國強租新界後，屯門汛房及其所轄各汛才裁撤。
在一八九九年新界移交英國時，海運已進入輪船時代，本港的商業中心又遷到香港島去，屯門只有新墟這個人口二百五十人的小鎮，連同鄉郊村屋在內總人口僅為一千。由於當時屯門還沒有修築馬路，要從新墟到區內其他較細小的村鎮如舊墟（當時市集）和三聖時，只可靠水路交通，而屯門第一及第二條道路分別在一九一零年及一九一一年建成，分別通往元朗和荃灣。當年英軍接收新界時，本地居民深表不滿，屯門、錦田、廈村、屏山等各村鄉民父老，反對英國人入侵，群情洶湧。各地代表多次在元朗開會，並曾建議武力對抗。當年屯門的重要進一步減低，變成一個村落，青山灣還是荒涼一片，居民只有茅蓬一二，漁戶三數，港灣內只有帆船停泊，食水也僅靠石隙澗泉供應，居民從事石灰（用炭將蠔殼燒為石灰）及製鹽工作，然而，當時已有青山灣至大嶼山北朗的定期街渡。清朝的最後的官方地誌《新安縣誌》的紀錄證明了屯門與大嶼山的大澳──當時的區域中心的關係和來往。當時新墟及大澳同樣擁有較大的漁船隊，也同樣是大產鹽區。但兩地的製鹽業皆早已停頓不復存在。清末民初時，有了幻大師在此出家，見山上青草長年青綠，松柏叢生，樹木蒼翠挺撥，環境幽雅，便把屯門改名青山（英國人遠看青山，覺得它形似一座歐式城堡，所以又稱之為堡壘山），而飛檐碧瓦，博大深幽，青煙裊裊的禪院也叫青山寺（「以其山松柏叢生，蔥翠遍野，故改其山為青山，號其寺曰青山寺」）。
古老的屯門的最近一頁光輝歷史乃與中國現代革命者和中華民國的始創人孫中山先生有關。十九世紀末期，青山一帶開設了一個叫「青山農場」的大農場，那兒又種瓜果蔬菜，又養雞放鴨。由於屯門的蝴蝶灣遠離港九市區，人跡罕至，並得到農場主人李璿兒子李紀堂的全力相助，於是農場及其辦公室「紅樓」便成為中國反清志士在香港的良好隱蔽場所，並為一九零四年至一九零五年間在惠州及廣州的起義製造及儲存彈藥。紅樓現存的寫有革命理論的牌匾，相傳為孫先生的手筆，而相傳孫氏亦曾在現存在紅樓內的一張木桌子上策劃行動。紅樓前原有六株棕櫚樹，其中三株是孫中山先生所植的，一九六零年遭雷殛，現已枯死，另外三株是黃興所種，可惜其中兩株在二零零零年夏季及秋季枯死，僅餘的樹幹亦在二零零一年七月被惡意砍掉，另一株亦在二零零一年九月倒下。原來，青山農場為孫中山領導的興中會及同盟會在香港設立的秘密活動站和聯絡點，以從事農田開墾、飼養家禽家畜為掩護，實際開展革命活動。紅樓後山有一個很平順的山坡，相傳孫中山先生和命志士經常在此製造火藥和練習射擊，並負責運送槍枝彈藥往位於中環街，亦是他們聯絡點的「青山棧」。
屯門的陸路交通自然是沿著谷地向元朗伸展，在舊青山公路兩旁有一串串的細小聚落。這些地區土質優良，適宜傳統的水稻耕作。在屯門的西面山坡下半部是密林區，東面的山坡受到嚴重侵蝕，還有很多木屋。在十八及十九世紀，許多客族人士在本區定居，如龍鼓灘的劉氏，順風圍的梁氏等。這些在新市鎮北沿的老村現已差不多被城市化過程中的新建屋宇所吞併。當時屯門區已包含新舊鄉村數十條，遠非古老的海港及漁村。而古代的屯門，已漸漸在現代城市發展中消失。
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