Ja el 1968, el Guíxols baixa a Preferent, nova categoria creada aquell mateix any. Només hi dura una temporada: el 1969 es baixa a Primera Regional. El 1972 sembla que la situació es pot revifar després que el Guíxols es classifica per jugar la promoció d'ascens a Preferent, però perd amb el Sabadell Amateur. La temporada següent, el Guíxols baixa a Segona Regional. El 1974 juga la promoció d'ascens a Primera contra el Roses, però perd. Finalment, el Guíxols es revifa la temporada 74-75, quan sota la presidència del mecenes Roberto de Robert (que el poble ganxó va rebatejar com "el Marquesito") el Guíxols recupera la Primera Regional, sempre al camp de la Carretera de Palamós. El Palafrugell és la víctima dels ganxons en el partit decisiu. Amb diferents alts i baixos (el 1978 s'ha de jugar una promoció de permanència que es guanya davant l'Anglès), és la categoria que el Guíxols mantindrà fins a mitjan anys 80.
Els anys 80
Els anys 80 comencen amb polèmica; el Guíxols assoleix l'ascens a Preferent la temporada 79-80 per una reestructuració de categories. La directiva presidida per Josep Suñer convoca una assemblea de socis que per àmplia majoria decideix renunciar a l'ascens. Suñer sempre havia deixat clar que l'afició de Sant Feliu no donava per tenir un equip més amunt de Primera Regional. Amb tot, la decisió va fer que bona part dels socis favorables a l'ascens s'esborressin de l'entitat.
Després de molts anys a la Primera Regional, la temporada 84-85 s'aconsegueix l'ascens directe a Preferent sota la direcció del palafrugellenc Lluís Lozano. Un gol de Costabella als 65 minuts del Guíxols- Salt (1-0) fa que els ganxons assoleixin matemàticament l'ascens amb diverses jornades d'antel·lació. Ja a l'inici de la temporada el Guíxols havia demostrar les seves possibilitats guanyant el trofeu Manel Lloret, superant l'Arbúcies, el Palamós i el Blanes en la final.
La temporada 86-87, el Guíxols baixa de nou a Primera Regional després de perdre la promoció de descens contra l'Hospitalet Atlètic (3-2 a la Provençana i 0-2 a la Corxera). Pocs dies després, però, l'Espanyol Amateur renuncia a la categoria i la Federació Catalana de Futbol organitza una nova promoció entre els sis equips derrotats a les primeres fases de descens. El Guíxols queda emparellat amb el Sant Pere i Sant Pau. El dia de Sant Joan del 1987, a l'estadi Narcís Sala de Sant Andreu, els guixolencs guanyen el Sant Pere i Sant Pau de Tarragona per 7 a 0 en un partit amb història (es jugaven dos emparellaments més i l'equip que se salvava es decidia per goal-average) i se salven.
Els anys 90
La temporada 90-91, el Guíxols queda desè al grup primer de la Regional Preferent i, per tant, no es pot enganxar a la Primera Catalana, nova categoria que començava la seva andança la temporada següent. Però de nou la sort torna a picar a la porta de l'Ateneu; el Nàstic de Tarragona assoleix l'ascens a Segona B i l'ascens compensat afavoreix el Guíxols, que s'enganxa a la Primera Catalana.
El 27 de juliol del 1994, i després d'una temporada molt ambiciosa que acaba en gran decepció (l'Ateneu era el gran favorit per pujar però acaba cinquè), mor l'aleshores president Josep Suñer a l'edat de 62 anys. Vista la seva trajectòria sempre en favor de l'Ateneu, la directiva (que passa a presidir Albert Valls) demana a l'Ajuntament de Sant Feliu que dóni al Camp Municipal d'Esports de Mascanada el nom de Josep Suñer i Arxer, a més de cobrir la tribuna i plantar gespa al camp com era el desig de Suñer. El cobriment de la tribuna s'estrena el 14 de maig del 1995 en un Guíxols- Vilassar (3-0), però la gespa no arriba fins l'any 2001, i s'estrena amb derrota en un Guíxols- Balaguer (1-2). La mateixa temporada 1994-95, el Guíxols aconsegueix l'ascens a Tercera després de quedar tercer a la Primera Catalana i tot i perdre l'últim partit al camp de l'Hospi At. (1-0). L'ascens és unànimement dedicat a la memòria de Josep Suñer.
La temporada 95-96, el Guíxols fa una temporada nefasta i acaba cuer de Tercera amb 30 punts. Els guixolencs tenen tres entrenadors durant la temporada (Pere Bonell, Antoni Muñoz i Jaume Borrego), en una temporada plena de polèmiques. Es fitxen jugadors de fora de Catalunya que no donen bon resultat i s'acaben fitxant jugadors de la regional de Barcelona per cobrir l'expedient. A més, aquella temporada succeeix un nou fet tràgic; el jove jugador Jordi Carré Giró mor als 18 anys en accident de cotxe, poc després de jugar un Guíxols- Rubí al Josep Suñer (18 de març del 1996).
La temporada 96-97, hi ha renovació al Guíxols; Xavi Lozano és l'entrenador i es torna a fer un equip basat en jugadors de casa i de les comarques de Girona. El Guíxols es torna a quedar a les portes de l'ascens; és quart a Primera Catalana, i en aquesta ocasió no té sort perquè no hi ha ascensos compensats. La temporada 97-98, el Guíxols queda lluny de les primeres posicions. En aquesta temporada s'intensifica la rivalitat amb el Girona arran de dos durs partits tant a Montilivi com a Sant Feliu i d'unes polèmiques declaracions de l'aleshores tècnic del Girona Pere Gratacós: "Si el Guíxols continua jugant així els veig clarament a Preferent". Gratacós es va equivocar, perquè de fet la temporada 98-99 el Guíxols va pujar a Tercera Divisió juntament amb el Girona i el Cornellà. El triomf decisiu s'assoleix al Josep Suñer contra una Barceloneta ja descendida (4-0).
La temporada 99-00 obre el cicle més longeu del Guíxols a Tercera. De les tres temporades, la millor és la 2000-2001; s'arriba a estar en zona de playoff durant moltes jornades (juntament amb el Palafrugell que entrena Domènec Torrent, un exjugador del Guíxols) però a la recta final el Guíxols es desinfla. En tot cas, se salva de forma còmoda amb 52 punts. La temporada 99-00, el Guíxols se salva amb 44 i en una temporada 01-02 molt igualada (fins a nou equips de la zona mitja-baixa estan en tres punts), el Guíxols pateix molt però se salva amb 47 punts. La temporada 2002-03, però, és la del descens, després d'una temporada molt irregular que acaba amb el Guíxols cometent molts dels errors, semblava que oblidats, de temporades anteriors. Al llarg de la dècada dels 90 també se subscriuen acords de filialitat amb la Unió Esportiva Vilartagues (que a partir de la temporada 2001-2002 passa a anomenar-se Vilartagues Guíxols B) i l'Escola de Futbol de Sant Feliu. El primer equip s'ha nodrit de molts jugadors que han passat per l'Escola i que han acabat jugant a l'equip juvenil que fins la temporada 2001-2002 va jugar a la Lliga Estatal.
Avui en dia
L'Ateneu va encetar la seva tercera temporada consecutiva a Primera Catalana (la 2005-06) amb un equip format per jugadors de la casa amb algun reforç d'equips gironins i algun de Barcelona. Amb aquesta filosofia, l'Ateneu havia anat mantenint la categoria pero en aquesta ocasio, i tot i un inici prometedor, el Guixols va consumar el descens a Preferent.. L'equip B, mentrestant, tambe s'havia anat mantenint (patint)a Primera Regional i, igual que el primer equip, va baixar a final de temporada a Segona, pero en aquest cas, per culpa dels descensos no compensats.
Podeu consultar la història de l'Ateneu en els llibres "El futbol a Sant Feliu", de Josep Muñoz i Ayats; "Història de l'A.D. Guíxols", de Josep Serrats i Arnau; "AD Guíxols 75è aniversari", del propi club (editat l'any 1989); i "Blaugrana, vermell, taronja i verd. 25 anys de futbol guixolenc 1976-2001)", de Jordi Sunyer i Capella.
Avui juga l'Ateneu, ja pensem en la victòria, sobre el camp demostrarem que sabem jugar a futbol! Amb els socis al costat no creiem en la derrota, l'afició del nostre poble es mereix un club campió.
Guíxols! Guíxols! Blau i grana els teus colors. Guíxols! Guíxols! Sant Feliu n'està orgullós.
Quan el Guíxols surt al camp, les jugades són precioses, posem la passió en el joc i de premi fem els gols. Si les coses no van bé i ens endosen la derrota, l'equip pren bona nota i diumenge guanyarem.
Guíxols! Guíxols! L'energia i l'emoció! Guíxols! Guíxols! Tothom sap que ets el millor.
Guixolencs de tota mena animem el nostre equip, que ens demostra l'experiència que no hi ha rival petit. Jugadors i aficionats faran nostre la victòria, defensem la nostra història ja que som un club gloriós.
Guíxols! Guíxols! Blau i grana els teus colors...