Elías nació el 2 de julio de 1839 en Reno Centese, provincia de Ferrara, entonces perteneciente a la diócesis de bologna; sus progenitores, Francisco Facchini y Mariana Guiaraldi, que ya tenían dos hijas, lo bautizaron con el nombre de José Pedro.
   Muy impulsivo e inquieto, por contraste era de alma cándida, dispuesta al bien sin hipocresía. Una de sus hermanas tomó los hábitos en Ferrara, convirtiéndose en Sor Ursulina; a los cinco años recibió la Confirmación y a los siete años empezó a frecuentar la escuela de la parroquia. Tiemp después, José Pedro fue admitido a estudiar como externo en el seminario de  Finale, adquiriendo una discreta cultura literaria.
   A los 11 años hizo la Primera Comunión preparado devotamentepor su madre.
   A los 18 años tomó la decisión de hacerse fraile, y en julio de 1854 dejó Reno Centese, dirigiéndose a Bologna, en donde se encontraba la Casa Provincial de losFranciscanos, en donde fue acogido favorablemente.
   Después, fue enviado al Convento de la Gracia cerca de Rimini, en donde el 1° de noviembre de 1854 vistió el hábito franciscano, cambiando su nombre por el de fray Elias. entabló una santa amistad con otro joven fraile, entrado casi al mismo tiempo que él: fray  Francisco Fogolla. Esta amistad duró toda la vida, hasta que murieron juntos en China .
   Fue ordenado sacerdote a los 25 años, el 18 de dicembre de 1864.
   Un paar de años más tarde, debió afrontar y sufrir junto con todo su convento, la ley de disolución de la Orden, y se vio obligado a retirarse por algún tiempo con su familia. Allí maduró su intensión de ir a las misión de China y, con el permiso de sus superiores, fue a Roma al Colegio de las Misiones en San Bartolomé de Isola.
   Después de algunos meses de preparación y estudio de la lengua, se lo incluyó en una expedición misionera guiada por Monseñor Eustaquio Zanolo o.f.m. provisoriamente en Italia, y de retorno a su Vicariato chino de Hu-pè.
   Después de un largo viaje arrivaron a  Shanghai  el 6 de dicembre de 1867, desde allí, otros tres días en un acorazado francés, hasta  Tce-fu. Después, el padre Elias Facchini y el padre Anastasio de Ferentino, prosiguieron a pie, o en mula, guiados por algunos chinos paganos.
   En marzo de 1869 los dos misioneros llegaron a Tci-nan-fu capitale de la provincia del Scian-tong, pero para el padre Elias no había terminado el camino, encontró una carta del Vicario Apostolico Monseñor Moccagatta que lo destinaba a Tai-yuen-fu, a donde llegó el 29 de abril de 1868; allí se encontró con sus compañeros de la misma provincia franciscana, Gregorio Grassi, Francisco Fogolla y Pablo de Fresonara.
   Después de una necesaria ambientación, le fue asignado el importante distrito de Ta-tong-fu, en donde con ardor y entusiasmo el giovane missionario, emprendió una incansable obra apostólica, fornido de una larga barba, que inspiraba un temor reverenzial.
   Permaneció en el distrito solamente un año, recibiendo la orden de volver a Tai-yuen-fu, como rector del seminario chino, por haber muerto el rector prededente. Prácticamente era el único profesor de una veintena de estudiantes , repartidos en diferentes grados del estudio de la teología.
   Condujo ell Seminario por unos veinte años con disciplina y comprensión, amado por los estudiantes, no concediéndose reposo y llevando una vida muy severa: se levantaba a las tres de la mañana durmiendo en total cuatro horas. El 11 de septiembre de 1893 se le dio el encargo de guiar la primera familia monástica franciscana en China,  con el convento costruido en Tong-eul-kou, con tres sacerdotes y tres novicios chinos. Su primer pensamiento fue el de repetar el hábito franciscano, aunque negro, porque en China no se usaba el marrón. Por lo general, la mayoría de los misioneros vestían como los chinos.
   Sin embargo, después de cuatro años tuvo que dejar ese amado retiro claustral, que le recordaba la vida consagrada de su juventud y volver a dirigir el Seminario indígena en Tai-yuen-fu. Su virtud más grande fue la obediencia, siempre pronto a cumplir las órdenes de los superiores, sin reclamar ningún privilegio.
   en los últimos años, el padre Elias Facchini sufrió molestias cutáneas muy dolorosas y atormentadoras, especialmente cuando hacía mucho calor. Su cuerpo se convertía en una llaga, viéndose obligado a dormir semivestido a causa del dolor que experimentaba cada vez que se vestía, especialmente cuando se calzaba.
   Cuando empezó la persecución, el venerado padre Elias fue llevado portando cadenas ante el tribunal de Tai-Yuen-fu el 9 de julio de 1900, interrogado por el sanguinario virrey Yü-sien, que le preguntó: "¿quién eres?"  – “soy un hombre de Italia” respondió; después fue conducido al lugar en donde ya estaban los otros 25 mártires.
   Fue decapitado y su cabeza, junto con la del obispo, fue expuesta en el ingreso a la ciudad, en la Puerta Meridional.