De origen sirio, tal vez naciera en Sicilia. Junto con él fueron elegidos otros dos, pero la discordia duró poco y él pudo gobernar en paz con la aprobación del exarca de Rávena, Juan Platina.

   Consiguió recomponer una división entra la Iglesia de Roma y la Iglesia armenia. Tuvo un durísimo, enfrentamiento con el nuevo emperador Justiniano II. El emperador había convocado en su palacio, sin el consentimiento del Papa, un concilio, que pasó a la historia con el nombre Quinto-Sexto. Sergio ni siquiera fue invitado, pero sí le entregaron las 102 propuestas elaboradas para que las aprobara y las suscribiera. Naturalmente el Papa se negó. Entonces Justiniano ordenó que le detuvieran.

   La medida imperial fue considerada universalmente sacrílega, por primera vez, y hubo entonces un levantamiento general: la misma Rávena, la Pentápolis y las provincias lindantes, con sus ejércitos y todo el pueblo de Roma, salieron indignados en defensa del Papa. Este asunto fue para Justiniano el final del poder y de la integridad física -de hecho fue destronado, mutilado y exiliado- mientras que para el Papa fue el inicio de una poderosa consolidación de su poder.

   Se hacía cada vez más evidente quién era el principal señor de Italia.

  Con él se cerró definitivamente la cuestión de los tres capítulos del Concilio de Calcedonia, relativa a la herejía eutiquiana. Bautizó a Cedwala, rey de los Sajones, en San Pedro el sábado Santo de la Pascua del año 689. Introdujo el tríplice canto del Agnus Dei en la Misa. Sostuvo Venecia en su intento de independizarse de Constantinopla.