Margarita nació en Laviano, pequeño poblado toscano en 1247 de familia campesina. A los 8 años murió la madre. La presencia de su madrina malhumorada turba su adolescencia. A los 16 años, cansada de los continuos maltratos, acepta la propuesta de Arsenio, joven noble de Montepulciano y huye, convive 9 años con él en una dependencia de caza cerca de Montepulciano. De esta unión nace un niño.
   Un día fue asesinado Arsenio en una partida de caza en la selva de Petrignano. Margarita, guiada por el perro, encuentra su cuerpo exánime oculto al pie de una encina, y allí, fulgurada por la gracia de Dios comienza su conversión. 
   Rechazada por los padres de Arsenio, Margarita vuelve a Laviano con su hijo. Pide perdón a su padre, pero éste, instigado por su mujer, la rechaza de mala manera.
   Entonces Margarita, con el corazón traspasado, desahoga su llanto, pidiendo públicamente perdón por sus escándalos al pueblo. Después de una prolongada lucha con las fuerzas del mal, que la atraen nuevamente hacia la vida mundana, inspirada por Dios y ayudada por su gracia, se dirige hacia Cortona y se somete a la guía espiritual de los Hermanos Menores.
   Fue acogida por dos nobles señoras de Cortona. Entre tanto su hijo fue a estudiar a Arezzo, donde se hizo franciscano y sacerdote. Ella dedica todos sus cuidados y preocupaciones maternales a aliviar los sufrimientos de los pobres, de los enfermos y de los abandonados. Después de tres años de prueba, fue recibida en la Tercera Orden Franciscana. Su vida ascética no tiene descanso. Un día, mientras está recogida en oración ante el crucifijo en la iglesia de San Francisco, oye la voz de Cristo que le dice: «¿Qué quieres de mí, pobrecilla?». Margarita le responde: «Nada quiero fuera de ti, Señor!». Este sublime coloquio marca el comienzo de un estupendo programa de vida. Margarita recorre rápidamente el camino de la perfección, sostenida por una fe inquebrantable, por una caridad seráfica. En 1286 funda un hospital para acoger a pobres enfermos. El P. Giunto Bevegnati, su confesor y biógrafo, la guía con prudencia y energía. Debe intervenir para frenar las penitencias, las flagelaciones, los largos ayunos, el excesivo trabajo y las prolongadas vigilias.
   Margarita transcurre los últimos nueve años de su vida en una celdita entre éxtasis y oraciones. Muchos se acercan a ella para recibir consejo, guía y consuelo. Margarita se convierte en un punto de referencia de vida cristiana para todos, gracias a los dones extraordinarios que Dios le concede. Inclusive Dante Alighieri va a Cortona para encontrarse con la Santa. A los 50 años de edad, al alba del 22 de febrero de 1297 Margarita es arrebatada hacia la extrema felicidad, abandonando la tierra para continuar desde el cielo su misión de amor.   

   Fue canonizada por Benedicto XIII el 16 de mayo de 1728.