San Eugenio I nació en Roma. Fue elegido por expresa voluntad del emperador Constante, un año antes de la muerte de Martín, mientras éste era conducido en cadenas a Constantinopla. El clero romano y el mismo Eugenio I no se opusieron a la voluntad de Constante, probablemente no por sumisión o miedo, sino por motivos de oportunidad. Tal vez no quería indisponer al emperador quien, por ejemplo, hubiera podido hacer elegir a un papa monotelista; o quizás dando muestras de condescendencia no se quiso comprometer aún más la ya precaria posición del Papa Martín.

   No hay duda de que la actitud de Eugenio fuera demasiado reverente y condescendiente, hasta tal punto que el Liber pontificalis le defino demasiado «benévolo, dulce y lleno de mansuedumbre». Se rescató hacia el final rechazando la epístola sinodal que le envió el patriarca Pedro, que contenía graves ambigüedades doctrinales en sentido monotelista, y negándose a suscribir una profesión de fe dictada por el mismo emperador. Antes bien, contestó a la provocación denunciando los abusos y las persecuciones que Martín había sufrido por parte de la Corte imperial, haciéndolos de público dominio.

   Habría recibido el mismo trato que su antecesor si mientras tanto no hubiese muerto. Prescribió que los curas tuviesen que guardar castidad perpetua.

   Estuvo dotado del don de milagros, y murió en el Señor el 2 de junio del año 657.