Iglesia de Santa Sofía. Fundada por el primer déspota de Mistra, siempre fue la capilla de Palacio.

Muy cercana al palacio se encuentra la iglesia de Santa Sofía, erigida por Manuel Cantacuzeno Paleólogo, primer déspota de Mistra, cuyo monograma todavía puede verse en los capiteles de las columnas junto con el águila bicéfala. Fue siempre la capilla de palacio y ha sido identificada con el monasterio de Cristo Zoodotes ("el que otorga la vida") erigido por Manuel entre 1350 y 1365. 

Monograma del déspota Manuel Cantacruzeno 

en el interior de la iglesia Santa Sofía.

Aquí se hallan enterradas Teodora Tocco (+ 1429), primera esposa de Constantino XI Paleólogo, y Cléope Malatesta (+ 1433), esposa de Teodoro II. Probablemente sus tumbas sean dos pequeños espacios cuadrados cubiertos con una pequeña cúpula que se encuentran al lado del campanario.

En cuanto a su arquitectura, Santa Sofía pertenece al mismo tipo que la Períbleptos y la Evangelistria. La cúpula se apoya sobre dos columnas y sobre los dos muros que dividen la nave en tres partes, el tipo más común en Grecia. Lo que la diferencia del resto es su búsqueda de la elevación y la distribución de la luz a través de las ventanas de la cúpula, así como un amplio nártex con cúpula y sus dos porches exteriores, de los cuales sólo se conserva, reconstruido, el del lado norte que mira hacia el valle. El campanario, originariamente de tres pisos y hoy de dos, fue utilizado como minarete cuando Santa Sofía se convirtió en mezquita bajo el dominio turco.

Su programa decorativo, fechado entre 1350 y 1375, se encuentra en un estado muy fragmentario, pero aún deja apreciar que es análogo al de la Períbleptos. El gran Cristo del ábside es una de las claves para su identificación con Cristo Zoodotis.

Cristo en el ábside de Santa Sofía, identificado como Zoodotes, el que da la vida.

 Debemos destacar también el Cristo de la cúpula de una de las capillas, que aparece rodeado de ángeles y fuerzas celestiales. Dos grandes ángeles en las paredes ratifican el carácter funerario de esta capilla, bajo la cual se abre una cripta del siglo XV.

Representación de un ángel en una de las capillas de Santa Sofía.