Isidoro, después de distribuir su fortuna entre los pobres, se retiró al desierto de Nitria. Más tarde, cayó bajo la influencia de San Atanasio, quien le ordenó sacerdote y le llevó consigo a Roma, el año 341. Pero Isidoro pasó la mayor parte de su vida como superior del gran hospital de Alejandría. Cuando Paladio, el autor de la Historia Lausiaca, fue a Egipto para consagrarse a la vida ascética, se dirigió primeramente a Isidoro, quien le aconsejó que practicara la austeridad y la abnegación y que volviese después en busca de nuevos consejos. Cuando tenía ya más de ochenta años, nuestro santo sufrió persecuciones y calumnias de toda especie. San Jerónimo le acusó violentamente de simpatizar con Orígenes, y su propio obispo, Teófilo, que había sido su amigo, le excomulgó. Ello obligó a Isidoro a buscar refugio en el desierto de Nitria, donde había pasado su juventud. Por último, huyó a Constantinopla en busca de la protección de San Juan Crisóstomo, y ahí murió poco después, a los ochenta y cinco años de edad.