Resident Evil Zeron alku

Pelin alussa näytetään junaa joka on täynnä ihmisiä. Yhtäkkiä mystinen mies valkoisessa viitassa tulee ja lähettää paljon iilimatoja junan kimppuun.

Kaksi tuntia myöhemmin Bravo Team lentää metsän yllä helikopterilla kun yhtäkkiä koneen moottori räjähtää. Helikopteri tippuu alas. Bravo Team päättää jakautua etsimään apua. Kuljettuaan metsässä jonkin aikaa Rebecca löytää kumoon kaadetun sotilaspoliisiajoneuvon ja paperin, jossa kerrotaan että sillä kuljetettiin entistä laivastoupseeria Billy Coenia joka oli tuomittu kuolemaan 23 ihmisen murhasta.

Enrico löytää Rebeccan, joka näyttää hänelle paperin. Enrico olettaa että Billy on karannut ja tappanut sotilaat. Rebecca ja Enrico jakaantuvat taas ja jonkin matkan päästä Rebecca löytää junan. Hän astuu junaan, ja varsinainen peli alkaa.

Rebecca tutkii junaa mutta pian hän näkee Edward Deweyn hyppäävän junaan verikoiria perässään. Koirat repivät Edwardin palasiksi...

Rebecca jatkaa eteenpäin kunnes hän saapuu pimeään, kynttilöillä valaistuun huoneeseen. Siellä hän näkee miehen istuvan tuolissa. Kun hän koskettaa miehen olkapäätä, tämän pää putoaa pois. Miehen ruumis muuttuu iilimadoiksi jotka ympäröivät Rebeccan. Onneksi joku mies tulee huoneeseen ja ampuu iilimadot aseellaan. Rebecca huomaa että mies on Billy Coen, ja he päättävät tehdä yhteistyötä selvittääkseen mitä on tekeillä.

Myöhemmin William Birkin ja Albert Wesker istuvat huoneessa joka on täynnä TV-monitoreita. Yhdellä kuvaruudulla he näkevät mystisen viittamiehen ja hänen iilimatolaumansa. Wesker kysyy kuka mies on ja Birkin vastaa: "Etkö muista? Tapoit hänet kymmenen vuotta sitten..."