A ontogênese, ou o desenvolvimento do indivíduo orgânico, a série de mudanças de forma que cada indivíduo passa durante todo o período de sua existência individual, é imediatamente condicionada pela filogênese, ou desenvolvimento da linhagem orgânica (phylon) a qual ele pertence .... Ontogenia é a rápida e curta recapitulação da filogenia, causada pela funções fisiológicas de herança (reprodução) e adaptação (nutrição).

Ernst Heinrich Haeckel, Morfologia Geral dos Organismos (1866).

As espécies mantêm-se essencialmente as mesmas, no decorrer do tempo, ou elas mudam? Como um organismo cresce de embrião a adulto? Essas duas perguntas distintas parecem encontrar uma solução mútua na teoria segundo a qual "a ontogenia recapitula a filogenia" (teoria hoje desprestigiada).Trocando em miúdos, a idéia é que a história do desenvolvimento de um organismo (sua "ontogenia") repete o desenvolvimento evolucionário de sua espécie ("filogenia"). Isto é, se   os peixes e os macacos estiverem incluídos entre os ancestrais evolutivos dos seres humanos, então, em pontos diferentes de seu crescimento, o embrião humano vai se parecer com um peixe adulto e com um macaco adulto.

Essa idéia foi desenvolvida na década de 1860, pelo zoologista alemão Ernst Haeckel (1834-1919), que denominou o processo de "lei biogenética". A frase "a ontogenia recapitula a filogenia" data de uma publicação do Quaterly Journal of Microscopical Science de 1872. (Foi Haeckel quem inventou os termos "ontogenia"e "filogenia", além do hoje familiar "ecologia".)

A teoria de Haeckel trás consigo a antiga questão de como os organismos tomam forma. Como assinalou Aristóteles, o primeiro grande zoologista, os embriões dos animais parecem virtualmente informes, no início. Ele estava inclinado a acreditar que o crescimento ocorre em três estágios distintos, durante cada um dos quais uma nova forma é impressa a partir do exterior no embrião.

Contra essa teoria, que predominou por séculos, outra teoria foi lançada no século dezoito. Chamada de "preformacionismo", ela prega que os organismos, desde a concepção, contêm sua forma adulta completa, que se desenvolve no decorrer do tempo. Assim sendo, o embrião humano, desde o comecinho, tem um par de braços, pernas, pulmões, olhos, orelhas, e assim por diante, só que em versões primitivas. Nenhuma figura ou forma necessita ser imposta por condições exteriores. Tudo já está ali, simplesmente aguardando o crescimento. Este processo, ironicamente, é o que os biólogos  originalmente entendiam por "evolução" (literalmente, "o ato de desenrolar"), embora ele até contradiga o que atualmente entendemos  por "evolução".

O prefomacionismo entrou em declínio quando, na virada do século dezenove, filósofos, cientistas e também os poetas começaram a ver o mundo não como algo pré-formado ou estático, mas como um processo dinâmico de mudanças constantes e progressivas. Ao mesmo tempo, outras idéias vindas do Romantismo se estabeleceram, entre elas a crença na unidade essencial do homem com toda a natureza. Inspirados nessas idéias, um grupo de biologistas alemães conhecidos como Naturphilosophen ("filósofos  naturais") propuseram pela primeira vez um tipo de recapitulação biológica.

De acordo com eles, o homem era o maior e o mais avançado dos seres sobre a terra, a meta em direção a qual toda a Natureza se empenhou e com a qual ela é unificada. Uma vez que a Natureza opera através de leis universais e uniformes, afirmavam eles, o homem tem que representar o estágio mais avançado de um desenvolvimento orgânico compartilhado por todas as criaturas. Todos os organismos inferiores, concluíram os Naturphilosophen, eram apenas aproximações parciais do homem e o homem, o estágio final em processo de perfeição. Dessa maneira, à medida que o ser humano passa de embrião a recém-nascido, ele deve percorrer todos os estágios mais baixos para alcançar o mais alto, enquanto que os animais inferiores se detêm em um estado de desenvolvimento interrompido.

A versão de Haeckel, com uma visão verdadeiramente mais evolucionária, foi inspirada, é claro, na Origem das Espécies (1859), de Darwin, traduzida para o alemão em 1860.

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