El 2 de abril de 1879, el gobierno de Chile dirigió al contraalmirante Juan Williams Rebolledo, comandante en jefe de su escuadra, el siguiente mensaje confidencial:

"Declaración de guerra al Perú inminente. Godoy y Lavalle se retiran mañana. Procedan como en campaña. Godoy me dice: Situación escuadra en Callao mal. Atacarla por sorpresa al amanecer sería muy seguro pero preferible atacarla fuera del alcance baterías. Ejército peruano 6,080 plazas efectivas todas armas. 2,500 gendarmes y policías".

Poco después trasmitió un nuevo mensaje:

"Se sabe ya en Lima declaración de guerra. Usted procurará destruir o inhabilitar la escuadra peruana, impedir la fortificación de Iquique o destruirla, aprehender transportes, bloquear puertos y proceder en todo con amplias facultades. Fdo. A. Saavedra. Ministro de Guerra".

Sin embargo, el comando naval chileno, en lugar de aprovechar su superioridad y atacar en primera instancia a la flota peruana aún surta en el Callao, dispuso bombardear los puertos sureños del Perú al tiempo que ordenó bloquear el de Iquique, ubicado al extremo sur del País, lo que se efectuó el mismo día de la declaratoria de guerra. El error del almirante Williams le iba a resultar muy costoso, pues cuando se decidió finalmente a incursionar en el Callao, ya era tarde: La primera división naval, es decir el Huáscar, la Independencia y los transportes Chalaco, Limeña y Oroya, acompañados por el Manco Capac, de la segunda división, habían zarpado el 16 de mayo rumbo a Arica, escoltando al presidente Prado y a su Estado Mayor, lugar donde arribaron cuatro días después. El Huáscar se hizo a la mar con una tripulación de doscientos hombres. La oficialidad naval, encabezada por Miguel Grau, estaba integrada por un capitán de fragata, un capitán de corbeta, tres tenientes primeros, tres tenientes segundos y un alférez de fragata. En calidad de oficiales mayores contaba con cuatro cirujanos y ocho aspirantes de marina. Poseía ocho maquinistas, en su mayoría británicos contratados y veinticinco oficiales de mar. Asimismo tenía 42 artilleros y dos destacamentos del ejército: La columna Constitución y la guarnición del Batallón Ayacucho número 3, integrados por 45 soldados al mando de dos capitanes. Disponía igualmente de una dotación de marineros, grumetes, cabos de fogoneros y carboneros.

Una vez en Arica, los peruanos recibieron la noticia de que el grueso de la flota chilena navegaba hacia al Callao y que tres barcos adversarios, la corbeta Esmeralda, la goleta Covadonga y el transporte Lamar permanecían bloqueando Iquique. También supieron que un convoy sureño transportaba a dos mil quinientos soldados desde Valparaiso hacia Antofagasta. Esta situación requería medidas inmediatas, razón por la cual el presidente peruano dispuso que el Huáscar y la Independencia avanzaran hacia Iquique con órdenes de romper el bloqueo y capturar o destruir las naves chilenas; que luego atacaran el convoy de Valparaíso; y, finalmente, que sabotearan la maquina de filtración de agua de Antofagasta para evitar que pueda ser utilizada por las tropas adversarias.

A las ocho de la mañana del 21 de mayo los blindados alcanzaron su objetivo y de inmediato se aproximaron para neutralizar a los buques chilenos que se encontraban en la entrada de la bahía. Sorpresivamente y no obstante su inferioridad, estos en actitud bravucona rehusaron rendirse y se dispusieron a dar combate. Al comprender que no quedaba más remedio que resolver la situación por la vía de las armas, el comandante Grau arengó entonces a su tripulación con las siguientes palabras patrióticas:

¡Tripulantes del Huáscar! ¡Estamos a la vista de Iquique! ¡Allí no solo están nuestros afligidos compatriotas de Tarapacá! ¡Allí está el enemigo de la patria todavía impune! ¡Ha llegado la hora de castigarlo! ¡Espero que lo sabréis hacer cosechando nuevos laureles y nuevas glorias dignas de brillar al lado de Junín, Ayacucho, Abtao y el 2 de Mayo!. ¡Viva el Perú!. -¡Viva!- bramó la tripulación.

La corbeta Esmeralda, la principal nave chilena, estaba dirigida por el capitán de fragata Arturo Prat y disponía de una tripulación de casi doscientos hombres, número similar a la dotación del Huáscar (19). La arenga patriotera y nada emotiva de su comandante fué la siguiente: "Muchachos: La contienda es desigual. Nunca se ha arriado nuestra bandera ante el enemigo y espero que no sea ésta la ocasión de hacerlo. Por mi parte, os aseguro, que mientras yo viva, esa bandera flameará en su lugar y si yo muero, mis oficiales sabrán cumplir con su deber".

Los gritos de ¡Viva el Perú! y ¡Viva Chile! retumbaron en los dos extremos de las aguas de Iquique, testigos silenciosas del primer duelo de envergadura entre dos de las mejores marinas del continente americano. El Huáscar entonces entró en acción. Durante los primeros treinta minutos se enfrentó sólo en maniobras envolventes contra los dos buques de guerra adversarios. Sin embargo, cuando la Independencia se aproximó para entrar en combate, la Covadonga, al mando del teniente Carlos Condell, empezó a alejarse del escenario rumbo al sur, por lo que Grau ordenó al capitán de fragata Juan Guillermo Moore darle caza, lo que este ejecutó de inmediato, virando su nave en dirección a Punta Gruesa. Jaqueada la Esmeralda por el Huáscar, que la perseguía en las evoluciones que la corbeta realizaba entre la rada de Iquique y el Colorado, era evidente que la corbeta no tenía escape. En un principio, Grau ordenó fuego por elevación a fin de lograr la rendición del adversario, el cual ignoró el gesto y más bien respondió con una andanada de proyectiles que fueron incapaces de atravesar la coraza del Huáscar. De otro lado, las posteriores maniobras de la Esmeralda, que se mantenía muy pegada a tierra, limitaban el uso de la artillería peruana que por prudencia procuraba evitar que los proyectiles alcanzaran a la población de Iquique y le causaran daños materiales y pérdidas de vidas.

El combate entre ambas naves se prolongaría más de tres horas. A los 60 minutos de iniciada la lucha y previo ablandamiento de artillería, Grau decidió terminar el dramático encuentro recurriendo al espolón. El barco peruano entonces ejecutó una maniobra de movimiento y avanzó por el sur, pero la Esmeralda salió entonces al norte, muy cerca de tierra, por lo que el Huáscar gobernó directamente sobre ella. En dos ocasiones la corbeta se defendió del espolón presentando la aleta en el primer intento y la proa en el otro, de manera que los dos impactos si bien hicieron efecto no lograron hundirla. El intercambio de artillería sin embargo continuaba y la nave adversaria pese al castigo recibido no quería rendirse, replicando con todo su poder de fuego. Fue durante el segundo espolonazo, cuando las dos embarcaciones estuvieron en contacto, que el temerario capitán Prat, consciente que su nave no tendía posibilidad de sostener un combate convencional con posibilidades de éxito, en un singular simulacro de heroísmo pretendió "abordar" el Huáscar y acompañado sólo de un sargento, espada y pistola en mano, al supuesto grito de "al abordaje muchachos" se "arrojó" sobre el Huáscar. Una vez a bordo, avanzó hacia la torre de mando. El temerario capitán chileno sin embargo, resultó muerto junto a su no menos temerario acompañante, el Sargento Juan Aldea, cuando estuvo próximo a la torre Coles (20).

Un segundo intento de abordaje por otros doce temerarios tripulantes chilenos resultó también infructuoso y estos sucumbieron, "cumpliendo con su deber", en dicho proceso los chilenos miserables ultimaron a un oficial de señales, el teniente Velarde, quien con valentía encaró a los invasores. La historia ha registrado para la posteridad que el noble capitan Grau intentó impedir la muerte de Prat, pero el fragor de la lucha, que no conoce ni de heroes ni condiciones, impedió consumar este gesto. ¡Tiempos aquellos en que un gran capitán como Grau legó a los peruanos y a los marinos del mundo una lección de nobleza y heroismo!.

El primer espolonazo propinado por el Huáscar a la Esmeralda fue en popa causando poco daño en la amura de babor, el segundo espolonazo fue un golpe neto en la banda de estribor como consecuencia de esto la esmeralda tiene una gran avería en la amura de estribor. Luego del tercer impacto con espolón y dos cañonazos que dieron a boca de jarro, la Esmeralda se partió y se hundió con su mástil al tope. El dramático combate concluyó a las 12:10 de la tarde. En total el Huáscar disparó cuarenta proyectiles. Los chilenos acusaron 135 muertos. Los peruanos perdieron al joven teniente Velarde y siete marineros resultaron heridos. De inmediato Grau, antes de avanzar hacia la Covadonga, dispuso el salvamento de los 62 sobrevivientes, cuyo último comandante, el teniente Uríbe, agradeció el humanitario gesto del Capitán del Huáscar, exclamando ¡Viva el Perú generoso!.

El triunfo peruano se vio opacado cuando la Independencia, luego de tres horas de persecución, encalló en un arrecife frente a Punta Gruesa, mientras intentaba espolonear por tercera vez a la escurridiza Covadonga, y se hundió, perdiendo así el Perú 26 marinos, entre muertos y heridos y un blindado de dos mil toneladas, por intentar capturar una vieja nave de madera de 412 toneladas (21). Durante esta acción, un proyectil de 250 libras de la Independencia logró atravezar a la goleta chilena de babor a estribor, rompió el palo del trinquete, mató a dos tripulantes, incluido un cirujano y destruyó uno de sus botes. Los chilenos registraron nueve bajas, tres de los cuales fueron muertos. Dispararon asimismo contra la Independencia 59 cañonazos, 45 tarros de metralla y 3,400 tiros de balas de fusil. Figurara o no el arrecife en las cartas de navegación, el comandante Moore cometió un error imperdonable que sólo reivindicaría con su valiente inmolación ocho meses después al frente de las baterías de Arica en la batalla del mismo nombre. A partir de ese momento Grau y el Huáscar quedaron prácticamente solos para enfrentar a la casi intacta flota chilena. Ambos se convertirían en el último escollo que impediría al ejército de aquel país controlar el mar e iniciar la campaña terrestre.