El 23 de noviembre de 1855 don Juan Álvarez apoyó la Ley de Administración de justicia o Ley Juárez, creada por el Lic. Benito Juárez que ocupaba el cargo de Ministro de Justicia. Esta Ley suprimía los fueros eclesiásticos y militares en los asuntos civiles. El grupo de los liberales moderados que buscaba una convivencia pacífica y armónica con la Iglesia, se opuso a esta ley. El gobernador de Guanajuato, Manuel Doblado se pronunció en contra de la Ley Juárez y del gobierno de Álvarez y con el apoyo de los moderados fue proclamado presidente don Ignacio Comonfort que hasta entonces había ocupado el cargo de Ministro de Guerra. Don Juan Álvarez, agobiado por las presiones que ejercían sobre él los moderados, reconoció como jefe de la nación a Comonfort que tomó posesión del cargo el 11 de diciembre.
Al día siguiente, 12 de diciembre, estalló una revuelta en Zacapoaxtla, poblado enclavado en la sierra de Puebla, encabezada por el cura del lugar, en protesta porque en la convocatoria a elecciones para formar el Congreso Constituyente, los sacerdotes habían sido inhabilitados para ejercer el voto y para ser votados. El Plan de Zacapoaxtla firmado por Francisco Ortega y García y Lorenzo Bulnes desconocía el gobierno de Comonfort y todos sus actos y se apegaba a las Bases Orgánicas de 1836.
El 14 de diciembre el regimiento al cual pertenecía Miguel Miramón, bajo las órdenes del coronel Rafael Benavides, fue enviado a Zacapoaxtla a combatir a los rebeldes. Personalmente, Miramón y muchos otros de sus compañeros de armas, estaban de acuerdo con la sustancia del Plan de Zacapoaxtla y estaban inconformes de pelear contra los hombres que lo proclamaban. El 19 de diciembre se adhirieron al Plan algunos militares como Francisco Güitian, Juan Olloqui y Luis G. Osollo, este último compañero y amigo de Miramón en los tiempos del Colegio Militar. El Plan sufrió entonces algunas modificaciones como apegarse a las Bases Orgánicas de 1843 en lugar de a las de 1836.
Cuando la brigada de Miramón llegó al pueblo de Tlatlaquitepec, un lugar cálido y húmedo, con barrancas cubiertas por una exuberante vegetación, Miguel sublevó a sus hombres e hicieron prisionero al coronel Benavides, para unirse a los rebeldes de Zacapoaxtla. Era el 25 de diciembre de 1855.
El 23 de enero los rebeldes encabezados por Antonio Haro y Tamariz, a quien acompañaban Luis G. Osollo, Severo del Castillo y Miguel Miramón se apoderaron de la ciudad de Puebla. Una vez al tanto de lo que sucedía en la capital poblana, el presidente Comonfort movilizó todas sus tropas en contra de los rebeldes. Inexplicablemente Haro y Tamariz y sus hombres permanecieron inactivos en Puebla en vez de avanzar hacia la capital y cuando quisieron hacerlo tenían ya encima a las tropas de Comonfort. Miramón y sus tropas trataron de desalojar al enemigo desde el cerro de Ocotlán. Después de dos horas de batalla encarnizada, Haro y Tamariz ordenó replegarse hacia la ciudad y pronto quedaron sitiados, resistiendo dieciocho días después de los cuales tuvieron que capitular.
Por decreto de Comonfort los oficiales vencidos quedaron a disposición del Gobierno como simples soldados rasos. Osollo y Del Castillo lograron escapar hacia Veracruz de donde se embarcaron al extranjero. Miramón permaneció escondido en Puebla hasta octubre de aquel año. Durante este tiempo se dedicó a conspirar junto con otros jefes conservadores que se hallaban como él, ocultos en la ciudad. Puebla se hallaba ocupada por la gente de Comonfort quienes se habían dedicado a cometer atropellos con los diezmos y las propiedades de la Iglesia; el Obispo de Puebla, Pelagio Antonio de Labastida y Dávalos había sido incluso expulsado de la ciudad, en la cual había gran descontento.
Los conspiradores se propusieron dar un golpe la noche del 19 de octubre, para lo cual contaban con la ayuda del capitán 2do. de linea, Leónides Campo, que estaba encargado de la guardia del Palacio de Puebla. A la una de la mañana del día 20, penetraron en el recinto Miguel Miramón y Fracisco Vélez, acompañados de Leónides Campo quien ordenó al comandante de la guardia que pusiera presos a sus acompañantes. El comandante contestó que no había lugar, solamente uno en la celda del teniente coronel Luis Reyes, a quien, según órdenes recibidas, debía mantener solo. Campo le ordenó que encerrara ahí a Miramón. El comandante subió acompañado de Miguel, quien al llegar a la celda de Reyes amagó al comandante con una pistola.
Miramón, Vélez y otros sublevados, comandados por Joaquín Orihuela, se apoderaron del Palacio y de la ciudad de Puebla, pero dejaron escapar a las tropas y a las autoridades del gobierno de Comonfort por lo que los rebeldes se vieron nuevamente sitiados por el enemigo, sin poder iniciar ninguna acción contra la Ciudad de México.
El 25 de octubre las fuerzas federales del general Tomás Moreno, al frente de cuatro mil hombres con treinta piezas de artillería, rodearon la ciudad de Puebla. Los rebeldes resistieron hasta el 5 de diciembre. Al caer la ciudad, escaparon sin firmar la capitulación el jefe del levantamiento, Joaquín Orihuela y Miguel Miramón. Orihuela fue capturado unos días mas tarde y fusilado en San Andrés Chalchicomula. Miramón en cambio, acompañado por menos de cien hombres, huyó en dirección de Toluca. Entre los que lo acompañaban estaban Francisco Vélez y Manuel Ramírez de Arellano.
En vista de lo escaso de las provisiones y armamento, Miguel decidió tomar la ciudad de Toluca. Junto con Vélez y Arellano y parte de sus hombres, asaltó el cuartel de la ciudad y se apoderó de armas y alimento. Miramón y los suyos huyeron hacia el estado de Guerrero, siendo perseguidos por don Plutarco González, comandante de la plaza de Toluca, con quien se batieron en Sultepec, el 21 de enero de 1857. Miguel resultó herido de gravedad en una pierna. Desangrándose fue conducido a la hacienda de Atenco. Como la herida parecía empeorar, al grado de hacer posible una amputación, hubo necesidad de conducirlo, en medio de muchas dificultades, a la Ciudad de México. Fue alojado en casa de don José Cervantes, en donde comenzó a recuperarse gracias a los extremos cuidados de sus anfitriones. Sin embargo, alguien lo traicionó y estando Miguel ya casi recuperado, se presentó la en casa de Cervantes, don Juan José Baz, gobernador de la Ciudad, acompañado de la policía y arrestó a Miramón, que fue encerrado en un calabozo de la prisión de La Acordada.
A pesar de hallarse estrictamente vigilado en un principio, Miguel logró que le concedieran permiso de salir al patio, en donde se hizo amigo de varios delincuentes que se hallaban ahí purgando su condena. En una ocasión prometió ponerlos en libertad cuando él saliera de ahí. Comenzó a urdir un plan para escapar. Algunas versiones dicen que un antiguo subordinado, ahora guardia en la prisión, le prestó su uniforma, otras que Doña Carmen, su madre, le fue haciendo llegar pieza por pieza de un uniforme igual al de los guardias de la prisión; el caso es que Miramón huyó así vestido al unirse a la patrulla que circulaba para hacer el cambio de guardia al amanecer. Una vez en libertad se refugió Miramón en la hacienda Pablo del Miedo, propiedad de su amigo Raymundo Mora. Ahí terminó de recobrarse y pronto se puso en contacto con otros jefes rebeldes que operaban en el sur.
Mientras tanto, el 5 de febrero de 1857, Comonfort y su gobierno juraban la primera Constitución completamente liberal, a la que se agregaron la Ley Juárez y la Ley Lerdo o Ley sobre Desamortización de Bienes administrados por el clero. Esta última fue promulgada con el objeto de liberar las vastas propiedades de la Iglesia para estimular la economía. Estas propiedades salieron a la venta para ser adquiridas por sus arrendatarios u otras personas.
El 1° de diciembre Ignacio Comonfort juró respetar la nueva Constitución y tomó posesión como Presidente Constitucional de la República Mexicana. Sin embargo no estaba del todo contento con las leyes anticlericales que imponía la Constitución. En su carácter de moderado anhelaba una conciliación entre los conservadores y liberales y llegar a un acuerdo con la Iglesia. Además su madre, Doña Guadalupe de los Ríos, a quien estaba muy apegado, ejercía una gran presión sobre él para que suspendiese todas las medidas anticlericales.
Después de haber jurado la Constitución, Comonfort se reunió en privado con el ex-ministro de Hacienda, Manuel Payno, con el gobernador de la Ciudad de México, Juan José Baz y con el general Félix Zuloaga en Tacubaya. Todos consideraban que era imposible gobernar con la Constitución, la cual había provocado grandes perturbaciones entre la población; desde que entró en vigor no había día en que no hubiera alguna revuelta o algún pronunciamiento en su contra, en algún punto de la República. Comonfort ya había reconocido ante el Congreso que el nuevo código “no era conforme a la voluntad del país y contenía gérmenes de desorden y desunión”. Los cuatro hombres reunidos en Tacubaya decidieron dar un golpe de estado y derogar la Constitución.
El 17 de diciembre de 1857 Zuloaga proclamó el plan de Tacubaya, según el cual dejaba de regir la Constitución por no satisfacer las aspiraciones del país, y sus tropas se adueñaron de los principales edificios públicos de la ciudad. Benito Juárez, Presidente de la Suprema Corte de Justicia y fiel a la Constitución y al partido liberal, fue aprehendido en su oficina de Palacio Nacional y Comonfort fue proclamado presidente provisional , según lo indicaba el Plan de Tacubaya. Los conservadores pedían la derogación de todas las leyes liberales y exigían a Comonfort que formara su gobierno con elementos conservadores. Ante la actitud dubitativa y moderada del presidente, el 11 de enero de 1858 los conservadores pidieron su dimisión, reconociendo como presidente a Zuloaga.
Comonfort huyó a Veracruz para embarcarse con destino a Nueva York, pero antes puso en libertad a Juárez, quien según la Constitución, por ser Presidente de la Suprema Corte de Justicia, era el sustituto legal de Comonfort en la Presidencia. Juárez huyó a Guanajuato en donde Anastasio Parrodi y Manuel Doblado lo habían reconocido como Presidente Constitucional. El 19 de enero de 1858 Juárez declaró establecido en Guanajuato el Gobierno de la República. Había ahora dos presidentes, uno conservador en México, y otro liberal en Guanajuato.
Las tropas de Zuloaga estaban comandadas por dos jóvenes militares, Luis Gonzaga Osollo, que había regresado del destierro, había peleado en San Luis contra las tropas de Vidaurri, había sido herido y había perdido un brazo, y Miguel Miramón, quienes fueron recibidos con "vivas" en Tacubaya. El 20 de enero salieron los dos jóvenes de la Ciudadela al frente de sus tropas y tomaron la cárcel de La Acordada, los templos de San Juan de Dios. la Santa Veracruz, San Francisco, La Profesa y el Palacio de Minería; a las seis de la tarde tomaron Palacio Nacional.
Al día siguiente Osollo publicó la siguiente proclama:
"Compañeros y amigos:
Un solo combate ha bastado para que la heroica capital de la República se librara de los estragos de la guerra y fuera ocupada por las beneméritas tropas del Ejército Restaurador; recordad el noble título que habéis ilustrado en el primer hecho de armas para que vuestros compatriotas al veros digan con orgullo: estos son los restauradores de la República; el orden y la disciplina sean siempre vuestra divisa y el Dios de los ejércitos proteja vuestra causa.
¿Viva la república! ¡Viva la Paz! ¡Viva el ejército! Luis G. Osollo".
Zuloaga tomó protesta como presidente y Miramón fue ascendido a general de Brigada al frente del 1°, 2° y 3° batallón de linea. El nuevo gobierno restauró inmediatamente los privilegios de la Iglesia y de los militares que habían sido eliminados por la Ley Juárez. Más los liberales no se quedaron tranquilos; el gobernador de Jalisco, Anastasio Parrodi, proclamó la soberanía de su estado y convocó a una coalición de estados en contra del Plan de Tacubaya y en defensa de la Constitución. Michoacán, Guanajuato, Querétaro, Aguascalientes, Zacatecas y Colima se le unieron, mientras que Puebla, San Luis Potosí, Chihuahua, Durango, Tabasco, Tlaxcala, Oaxaca, Sonora, Chiapas y Yucatán, se adhirieron al Plan de Tacubaya.
El ejército de Zuloaga formado por cinco mil cuatrocientos hombres, bajo las órdenes de Osollo, Miramón y Tomás Mejía, salieron a combatir al ejército de la Coalición. Al enterarse de la proximidad del ejército conservador o Restaurador, el gobernador de Querétaro, José María Arteaga, huyó de la ciudad en busca de Parrodi, que estaba en Celaya, por los que los conservadores pudieron entrar triunfales en la ciudad sin encontrar ninguna resistencia.
Osollo, Miramón y su ejército continuaron su avance hacia Celaya, de donde Parrodi se retiró a Salamanca. El 8 de marzo Osollo ocupó Celaya y continuó su marcha tras Parrodi. En la madrugada del 9 de marzo los conservadores empezaron a tomar posiciones en los alrededores de Salamanca; el general Cánova se situó al lado derecho del frente, Miramón al centro y el general Manero a la izquierda. Las tropas de caballería del general Mejía permanecieron de reserva. El cañoneo de la ciudad comenzó a las dos de la tarde y se prolongó hasta las seis. Al día siguiente Parrodi intentó romper el frente y estuvo a punto de arrasar con las tropas de Cánova pero Miramón logró cntenerlos. Ante la insistencia de Parrodi, Osollo envió las reservas de Mejía. Parodi entonces se sintió acorralado; sus tropas se desbandaron perseguidas por el ejército enemigo y se vio obligado a huir hacia Irapuato y Silao y posteriormente hasta Lagos y Guadalajara, de donde Juárez ya había huido hacia Colima.
Osollo y Miramón continuaron su persecución y alcanzaron a Parrodi en la capital tapatía en donde lo derrotaron nuevamente y se apoderaron de la ciudad. Una vez establecidas las autoridades conservadoras y después de asistir a una misa solemne en Catedral, Miguel Miramón salió con dos mil hombres hacia Zacatecas. Ocupó esta ciudad el 10 de abril y dejando seiscientos hombres de guarnición salió con el resto de su ejército a tomar San Luis Potosí. En su camino a esta ciudad, el 17 de abril se topó Miramón con los ejércitos liberales del norte comandados por los generales Vidaurri y Zuazua, en un punto llamado Puerto de Carretas. Se batieron en encarnizada lucha y a pesar de ser las tropas de Miramón inferiores en número lograron hacer huir al enemigo y entraron en San Luis aquella misma noche, no pudiendo perseguir a Zuazua por lo reducido de sus tropas. Zuazua, por su parte, se lanzó sobre Zacatecas, derrotando a la guarnición que Miramón había dejado en esa ciudad y fusilando a los principales jefes militares, el general Antonio Manero y el coronel Antonio Landa, entre otros.
Mientras tanto Luis Osollo había llegado a la Ciudad de México en un deplorable estado de salud. Iba a pedir refuerzos pues su ejército era insuficiente para controlar la rebelión. Dejó la ciudad nuevamente el 15 de mayo para acudir en auxilio de Miramón, a quien tenían en jaque las tropas de Vidaurri y Zuazua en San Luis. En el oeste del país, los liberales Santos Degollado y Pedro Ogazón habían recuperado Guadalajara para su causa. Juárez, por su parte, estaba ahora instalado en Veracruz , después de haberse embarcado en Manzanillo hacia el Istmo de Panamá y de ahí a Nueva Orléans. Ahí había sido invitado por el gobernador de Veracruz, Gutiérrez Zamora, para instalar su gobierno en ese estado.
Ante la pérdida de Guadalajara. Osollo envió a Miramón a recuperar la ciudad. Miguel, con su sola presencia, logró hacer huir a Degollado y recuperó la capital tapatía el 21 de junio. El 2 de julio salió con su ejército a perseguir a Degollado; libraron una batalla en la barranca de Atenquique a 25 km. de Guadalajara. Con gran estrategia, Miramón venció a Degollado, pero nuevamente la falta de efectivos le impidió perseguir al ejército vencido que se retiraba. Por sus hazañas, Miramón empezó a ser conocido como el "Joven Macabeo", en recuerdo de Judas Macabeo, hijo de Matatías, vencedor de Antíoco.
Mientras en San Luis Potosí, Osollo yacía en cama, enfermo de tifo; murió el 18 de julio, cuando apenas tenía treinta años de edad. Luis G. Osollo fue hijo de padre español (de Bilbao) y madre mexicana; había sido educado también, junto con Miramón, en el Colegio Militar. Era severo consigo mismo así como con sus soldados, que lo admiraban. Justo Sierra lo describe como audaz pero reflexivo, de valor tranquilo pero incansable; lo más importante para él había sido el honor del ejército; era poco devoto del clero, al grado de que los liberales creyeron que podrían atraérselo. Pero Osollo prefirió la alianza con la Iglesia como un soporte para la clase militar. Comonfort sentía una gran debilidad por él e hizo vanos intentos de atraérselo a su bando. A su muerte, Zuazua se apoderó a viva fuerza de San Luis Potosí. En Guadalajara, con profunda tristeza, Miramón, de rodillas, dijo una oración por la muerte de su amigo y compañero de armas.