El padre de Sofía, el Rey Maximiliano I José de Baviera, había sucedido a su primo Carlos Teodoro como elector de Baviera en 1799. En enero de 1806, un año después del nacimiento de las gemelas, Maximiliano de Baviera recibió la dignidad real gracias a sus alianzas con el emperador Napoleón Bonaparte, convirtiéndose en el primer rey de Baviera. Fortaleció después su alianzas con el Emperador cuando su hija Augusta se casó con el hijastro de Napoleón, Eugenio de Beuaharnais. De su primer matrimonio con Augusta de Hesse Darmstadt, el nuevo rey de Baviera había tenido una numerosa progenie; además de la princesa Augusta estaban Luis, que sucedería a su padre como Luis I de Baviera, y Carolina Augusta, quien sería la cuarta esposa del emperador de Austria, Francisco I. Del segundo matrimonio del rey hubo cinco hijas, cuyos matrimonios permitirían a su padre fortalecer sus relaciones con varios tronos de Europa: Elisabeth, se casaría con el rey Federico Guillermo IV de Prusia, su gemela Amalia con el rey Juan de Sajonia, las gemelas María y Sofía, con el rey Federico Augusto de Sajonia y con el segundo hijo del emperador de Austria respectivamente, y Ludovica, nacida en 1808, se casaría con el duque Maximiliano en Baviera, y sería la madre de la futura emperatriz de Austria, la famosa Sisi.
Sofía creció convirtiéndose en una joven alegre e inteligente, con una fuerte personalidad. Un día sus padres decidieron que debería casarse con el segundo hijo del emperador de Austria, el archiduque Francisco Carlos. Cuando se enteró del futuro que se planeaba para ella exclamó: "Nunca con ese imbécil". Pero Austria era un vecino poderoso y no admitiría una negativa , por lo que Sofía se vio forzada a aceptar, Les dijo a sus padres que se casaría con el archiduque pero les advirtió: "Estoy decidida a ser feliz y lo seré"
"Haz lo que él quiera", le ordenó Francisco a su hija quien obedientemente partió hacia Francia para casarse con Napoleón en abril 2 de 1810, cuando tenía solamente 19 años. María Luisa era rubia, con ojos azules, mejillas sonrosadas y pequeños píes y manos; era nerviosa y un poco tonta, y no amaba a Napoleón del todo; sin embargo, él logró conquistarla con su ternura y firmeza a la vez. Para julio ya había quedado embarazada y en marzo 21, 1811, después de un parto difícil dio a luz al primer hijo de Napoleón, y que sería su único heredero legítimo, Napoleón Francois Charles Joseph, a quien su padre llamó el "Rey de Roma" como los herederos del Sacro Imperio Romano. María Luisa no era una madre cariñosa con su hijo; Napoleón en cmbio lo adoraba y acostumbraba sentarlo en sus piernas y gesticulaba para hacerlo reír.
Cuando el ejército Bonapartista fue derrotado en Rusia, Napoléon regresó a Francia muy deprimido; ya no era el "invencible". Aún su ejército tendría algunas victorias más en Lutzen y Butzen en Mayo de 1813 contra Rusia y Prusia. Napoleón confiaba en que su suegro, el emperador Framcisco, lo apoyaría contra sus enemigos aliados, pero para su sorpresa, Austria permaneció neutral y el 12 de agosto se unió a Rusia y Prusia declarando las tres potencias la guerra a Napoleón, quien en octubre fue derrotado en Liepzig. Las tres potencias aliados entraron en Paris el 13 de marzo de 1814 y cuatro días más tarde Napoleón, que se encontraba en Fontainebleu, abdicó en favor de su hijo, nombrándolo Napoleón II. Pero era demasiado tarde pues el niño ya había sido sacado de París por su madre. María Luisa había rogado a su esposo que le mandara a alguien que la aconsejara que actitud tomar ante la invasión extranjera pero Napoleón no lo hizo. La tarde del 12 de abril, en un último intento de reunirse con su esposa y su hijo, el Emperador mandó un regimiento que escoltara a María Luisa y al Rey de Roma a Fontainebeleu, pero el Primer Ministro austriaco, Clemmens von Metternich, se le había adelantado y había aconsejado a María Luisa que se reuniera con su padre en Ramboullet y que llevara a su hijo con ella.
Llevado a la fuerza a Austria, el Rey de Roma, de cuatro años, le gritó a su abuelo: "Tu eres el enemigo de mi padre y no quiero verte; quiero ser francés, no quiero ser austriaco". Pero fue hecho austriaco a la fuerza. Su nombre fue alemanizado transformándose en Napoleón Franz Karl Joseph y fue llamado Franz omitiendo su primer nombre que era el de su padre. Le fueron retirados todos los libros y juguetes franceses, los sirvientes franceses fueron sustituidos por austriacos y le fue prohibido hablar francés.
El príncipe Metternich quería restaurar la estabilidad que había reinado en Europa antes de la Revolución Francesa y del Imperio de Napoleón y había decidido evitar a cualquier precio que el Rey de Roma fuera instalado en el trono de Francia, por lo que, a pesar de ser el nieto del emperador de Austria, el hijo de Napoleón fue mantenido como prisionero en Viena bajo estrecha vigilancia, mientras su padre era enviado prisionero a la Isla de Elba. En febrero de 1815 Napoleón escapó de la Isla de Elba y regresó triunfante a París instalándose el las Tullerías. En Austria, María Luisa dudó sobre que actitud tomar ante el regreso de su esposo, pero finalmente se quedó en Viena sin hacer nada. La gloria de Napoleón fue efímera; sólo duró 100 Días. Fue derrotado en Waterloo y hecho prisionero. Fue enviado a Santa Elena en donde moriría en 1821. Después de la derrota de Napoleón Austria recobró los territorios perdidos y María Luisa fue nombrada gobernadora de Parma, provincia italiana bajo dominio austriaco, por lo que se fue a Italia dejando a su hijo en Viena. El pequeño Franz necesitaba un título austriaco puesto que era el nieto del emperador, por lo que se convirtió en el duque de Reichstadt desde que tenía seis años.
Sofía no era feliz en su matrimonio; la apatía de su esposo causaba que se sintiera triste y sola y que encontrara intolerablemente tediosa la vida en Viena. El hijo de Napoleón también estaba solo en aquella corte de esperpentos austriacos y una tierna amistad surgió entre aquellas dos almas solitarias. Primero Sofía sentía un cariño maternal por el joven duque, pero conforme se transformaba de una alegre niña en una sofisticada joven, este amor comenzó a transformarse. En sus cartas a su madre eran frecuentes las referencias a la belleza y el encanto del Duque y la reina Carolina comenzó a darse cuenta que las relaciones de su hija con el hijo de Napoleón se estaban transformando peligrosamente en un romance.
A fines de 1829, después de seis años de matrimonio y varios abortos, Sofía por fin se embarazó. Durante todo su embarazo su bienestar fue la principal preocupación del emperador Francisco. A pesar de que el emperador se había casado cuatro veces (su cuarta y última esposa era la media hermana de Sofía, Carolina Augusta), y había sido padre de trece hijos, todos de su segunda esposa María Teresa de Borbón Nápoles, solo dos de varones y cinco mujeres habían sobrevivido la niñez, de los cuales el príncipe heredero Fernando era débil mental y la archiduquesa Mariana, sólo cinco meses mayor que Sofía, padecía de una horrenda deformidad en la cara y era también retrasada mental. Las esperanzas de Francisco estaban puestas en el hijo que Sofía esperaba y de ahí su miedo a que el bebé pudiera sufrir cualquier deformidad o padecer locura o epilepsia. Así es que Sofía pasó su embarazo en el ala más placentera de Schöenbrunn. Su hijo nació el miércoles 18 de agosto de 1830. Su media hermana, la emperatriz Carolina Augusta llevó la buena nueva al Emperador: "Es un varón, dijo, un niño fuerte y bien formado". Este niño sería en un futuro, el emperador Francisco José de Austria. Durante el verano de 1831 la amistad de Sofía con el duque de Reichstadt se intensificó. Él tenía ahora veinte años y ella veintiséis. Juntos pasaban largas horas y deban largas caminatas por los jardines del palacio. Sofía era la única persona en quien el duque confiaba para hablar de su padre y de la admiración que por él sentía. A pesar de que se veían casi a diario, es difícil decir que tan lejos llegó su intimidad. No existe casi ninguna evidencia de la correspondencia entre ellos, la cual fue quizás destruida por Sofía después de la muerte del duque; sólo sobrevivieron unas cuantas notas: "Te beso con todo mi corazón. Aquella que te ama profundamente".
Para octubre Sofía estaba nuevamente embarazada. Los rumores de que el niño que esperaba era del duque se diseminaron por toda Viena. No existe ninguna evidencia que pruebe que esto sea más que un rumor.
Durante los últimos días de 1831 el hijo de Napoleón supo que tenía tuberculosis. En un intento por ser un digno hijo de su padre, robusto y saludable, trató de disimular su enfermedad. Su abuelo le dio el mando de un regimiento y se sintió tan orgulloso he sobreestimó su fortaleza en su afán de cumplir con su deber. Se levantó después de un ataque de fiebre para participar en un desfile, cuando la nieve aún cubría el suelo.
Un fácil remedio para mejorar su salud hubiera sido irse a un clima más cálido, pero nadie lo sugirió excepto Sofía, pero nadie la escuchó. Estaba sumamente preocupada por su joven amigo y escribió: "Es trágico ver a alguien tan joven y hermoso consumirse en esa forma, a tal grado que a veces parece un anciano".
Durante el invierno Sofía continuó esperando que la salud del Duque mejorara en la primavera cuando la corte se mudara a Schönbrnn. Pero fue hasta junio cuando el duque de Reichsatdt fue trasladado del Hofburgo en un carruaje cerrado a Schönbrunn en donde Sofía le cedió sus propias habitaciones, en las cuales Napoleón se había quedado en su histórica visita a Austria, para que el duque pudiera dormir en la cama de su padre. La archiduquesa con seis meses de embarazo, lo visitaba a diario, pasando largas horas junto a su cama, hablándole, leyendo o bien curándolo. Mientras estaba con él, permanecía serena y sonriente pero cuando salía de la habitación, rompía en llanto.
La salud del duque se deterioraba día con día; tosía y resollaba constantemente y estaba tan débil que apenas podía mantenerse en pie. Estaba muriendo gradualmente y pronto Sofía tuvo que enfrentar la realidad. Estuvo de acuerdo en que debían de administrársele los Últimos Sacramentos. El 20 de junio lo llevó a la capilla de Schönbrnn, donde oraron juntos. Cuando él se arrodilló ante el sacerdote, era prácticamente sostenido por Sofía.
Sofía vio a Reichstadt por última vez el 4 de julio. Al día siguiente, cuando ella no apareció en su habitación, el duque preguntó por ella; fue informado que el confinamiento de la archiduquesa había comenzado puesto que el parto era ya inminente. El día siguiente Sofía dio a luz a su segundo hijo, Fernando Maximiliano José. Cuando el duque recibió la noticia del nacimiento de Maximiliano, sonrió. Sofía seguía aún confinada cuando el duque murió el 22 de julio. Su madre, María Luisa, quien había apenas llegado de Parma, y el marido de Sofía, Francisco Carlos, estaban con él a la hora de su muerte. Sus últimas palabras fueron: "¡Atajad los caballos! Tengo que reunirme con mi padre" El duque fue enterrado en la cripta de las Capuchinas en la Iglesia de San Agustín.
El emperador Francisco escribió en una carta a Metetrnich: "Los sufrimientos de mi nieto fueron tales que la muerte llegó como una liberación bienvenida. También puede haber sido una bendición para mis hijos y para la paz del mundo, pero por mi parte siempre lo extrañaré"
Sofía por su parte se desmayó cuando su esposo le dio la noticia de la muerte del duque y permaneció inconsciente por varias horas. A partir de entonces su carácter cambió radicalmente; su alegría desapareció y se tornó una mujer dura y amargada. Ya rara vez hablaba de Reichstadt o de ella misma y dedicó todas sus energías a educar a sus hijos. En 1833 dio a luz a su tercer hijo, Carlos Luis y en 1835 a una niña llamada Ana. Los tres hijos de Sofía eran sanos y perfectamente normales pero Ana pronto mostró síntomas de epilepsia hereditaria; murió antes de cumplir los cinco años y la desolada madre se volvió temerosa de tener otro bebé. Sin embargo, dos años después de la muerte de Ana, Sofía tuvo otro hijo, al que puso pro nombre Luis Víctor, conocido simplemente por Bubi en la familia.
El 12 de febrero de 1835, la corte de Austria celebró el cumpleaños número 67 del emperador Francisco con un gran baile. Once días después el emperador y su esposa fueron al Burgtheatre mientras soplaba un viento frío y cortante por las calles de la ciudad. Cuarenta y ocho horas después el emperador era confinado en su cama con neumonía. Murió en la noche del 2 de marzo. El débil mental Fernando se convirtió en emperador de Austria. En su lecho de muerte, el emperador Francisco había firmado dos documentos dirigidos a su hijo y sucesor. En uno ordenaba a Fernando defender y mantener la libre actividad de la Iglesia Católica Romana y el otro era su testamento político en el cual insistía que Fernando no debería desplazar la estructura básica del Estado y no debía tomar decisiones en asuntos públicos, sin consultar al Príncipe Metternich. Designó también a su hermano, el archiduque Ludwig, para presidir sobre el Consejo de Estado que gobernaría en nombre de Fernando. Fue esta una decisión algo inesperada, puesto que de los seis hermanos sobrevivientes del emperador , tres eran mucho más hábiles que el emperador mismo: el archiduque Karl era un respetable comandante militar, el archiduque Joseph había demostrado ser un diplomático gobernante de Hungría y el archiuduqe Johann era un valiente soldado y patrono de las artes. Francisco había elegido, en lugar de a cualquiera de ellos, al más incapaz de sus hermanos para guiar a su sucesor a lo largo de su reinado. Esto daba oportunidad al príncipe Metternich de gobernar libremente puesto que los tres archiduques que se le habían opuesto, habían sido hechos a un lado.
El esposo de Sofía, Francisco Carlos, también fue dejado fuera del Consejo de Estado, hecho que molestó a la archiduquesa, no porque confiara demasiado en las habilidades de su esposo, sino porque lo quería en el centro de los acontecimientos, como guardián de los intereses de Francisco José. Sin embargo, todo lo que pudo hacer por el momento, era esperar a que sus hijos crecieran. Mientras tanto se dedicó a guiar su educación. Sofía no confiaba en nadie más que en sí misma. Francisco Carlos era un buen padre en el cuarto de juegos pero no en el salón de estudios, hecho que obligó a Sofía a pedir consejo al príncipe Metternich, a pesar de le disgustaba por el mal trato que le dio al duque de Reichstadt y por haber excluido a su marido del Consejo de Estado, pues reconocía que el príncipe era un gran político. De él escribió la archiduquesa: "Es un placer hablar con alguien que tiene tanta experiencia, y un consumado conocimiento del mundo, y al mismo tiempo resulta tan agradable compañía y un delicioso conversador"
Por su parte, Metternich, comenzó a cortejar a Sofía puesto que ella era probablemente una futura emperatriz y con mayor certeza, la madre de un futuro emperador. Como resultado de esta nueva amistad entre el canciller y la archiduquesa, Francisco Carlos entró a formar parte del Consejo de Estado, y dos de los mejores amigos de Metternich, el conde Henri Bombelles y el conde Coronini-Hochberg fueron nombrados tutores de los hijos de Sofía.
Los niños tuvieron una niñez feliz. La familia pasaba los meses de primavera y otoño en Schönbrunn y en Lexenberg. Francisco José y Carlos Luis preferían Lexenberg donde iban a cazar conejos y patos con su padre. Maximiliano, en cambio, prefería Schönbrunn, con su zoológico lleno de animales exóticos y su jardín botánico con plantas tropicales exuberantes y aromáticas. Los veranos los pasaban en Ischl, un lugar en la montaña en la región de Salzkammergut. Alquilaban un villa cerca del río Traun. Sofía crepia firmemente en las cualidades terapéuticas del los manantiales salinos del Salzkammergut. Según ella la habían ayudado a quedar embarazada después de años de abortos. Los niños eran felices ahí. Francisco Carlos bebía cerveza y Sofía ordenaba la comida regional que nunca se servía en la mesa imperial.
En 1845, los tres archiduques mayores, Francisco José, Maximiliano y Carlos Luis fueron enviados en un viaje oficial por Lombardía y Venecia, provincias italianas bajo dominio austriaco. Las experiencias del viaje despertaron diferentes emociones en los tres hermanos; el sensible Maximiliano se convirtió en un italianófilo devoto, en cambio Francisco José reconoció que existía una antipatía natural por parte de los italianos hacia los austriacos que los dominaban. Las manifestaciones de descontento bullían por toda Italia y las revueltas empezaron a extenderse hasta la misma Viena.
Sofía estaba decidida a que Francisco José estuviera al tanto de los problemas que enfrentaba el gobierno. Los diez años del reinado nominal de su cuñado, el emperador Fernando, la había convencido de la necesidad imperiosa de que un joven e inteligente monarca ocupara el trono, y Sofía se había propuesto que fuera su hijo mayor.
En 1848 la revolución que arrojó del trono de Francia al rey Luis Felipe terminó por hacer explotar la tirante situación en Viena. El 13 de marzo una partida de estudiantes invadió el Hofburgo exigiendo al emperador Fernando la renuncia de Metternich. El ejercito de granaderos, al mando del archiduque Alberto, primo hermano del emperador, fue enviado a sofocar la manifestación que invadía las calles de Viena. Sin embargo, el descontento continuaba y la familia imperial tuvo que dejar la capital y refugiarse en Olmutz. Las tropas austriacas comandadas por el mariscal Windish-Graetz sofocaron la revuelta temporalmente, pero pronto los acontecimientos se tornaron favorables a las ambiciones de Sofía . Era inminentemente necesario que el emperador abdicara y fuera sustituido por otro cuya corona no hubiera sido ensuciada por el fango de la revolución. Como hermano de Fernando, la sucesión correspondía a Francisco Carlos, pero el marido de Sofía no era el hombre idóneo; la elección debía recaer por lo tanto en el siguiente en la línea de sucesión, su hijo mayor Francisco José.
El prícipe Feliz Scwarzenberg, político audaz y cuñado de Windish-Graetz, y la propia Sofía comunicaron al emperador que tendría que abdicar; Fernando no puso ninguna objeción; Francisco Carlos se mostró un poco más reacio a renunciar a sus derechos, pero Sofía, consciente de la incapacidad de su marido, lo convenció. El 1 de diciembre de 1841, Fernando abdicó y Francisco José se convirtió en emperador.
Baviera
Austria