Esta pelicula inicia, cuando nuestros jovenes amigos se encuentrn descansando, y Ash, dice no poder hacer nada, pues tiene mucha ambre, derrepente aparece un extraño sujeto el cual reta a Ash a un duelo pokemon, de la nada recupera todas sus fuerzas y empiesa la batalla, la batalla la gana Ash, despues de esto llega un Dragonite el cual les da una carta

En esta extraña carta, se les invita a una reunion pokemon, como veras la mujer del olograma es la enfermera del centro pokemon, Bruck siente que la conoce, pero aun no la reconose,  ellos se encaminan al lugar de reunion.

Volviendo atras, les contare la historia del nacimiento de Mewtwo, en un laboratorio de Geovanny, el jefe del equipo rocket, se investiga el ADN, encontrado en una selva, ya que se cree es el ADN de Mew un poquemon legendario de enormes poderes, al fin logran clonarlo, solo que sale totalmente diferente y Mewtwo lo sabe.

Mewtwo destrulle el laboratorio, pero uno de los cientificos logra guardar unha grabacion sobre Mewtwo, el jefe del equipo Rocket habla con Mewtwo y le dice que el le ayudara a encontrar su objetivo, el le hase muchas pruebas.

Y le pone una armadura, decide probar su poder en el gimnacio que esta bajo su poder, y el desafortunado que se enfrenta a el es el pobre de Gary Oak, el cual pierde vilmente ante Mewtwo, Geovanny decide darle nuevas ordenes a Mewtwo diciendole que desde ahora obedecera todas sus ordenes, pero Mewtwo se enoja y destrulle su armadura y se escapa.

Se me olvidava mensionar que el equipo rocket tambien se entero de el mensaje y la reunion y decidieron ir a robar pokemons a dicha reunion.

Desididoa a asistir a la reunion, se dirigen al puerto en donde una rrara mujer de cabellos azules (la mujer que esta al lado de la policia) Les explica que no pueden ir porque los mares estan muy alterados, y les cuenta una historia la cual dice que cuando el mar esta enojado es por que los pokemon estan llorando.

Gary se encamina a la reunion sobre un hermoso ejemplar de Pidgeot, nuestros amigos se suben en un pequeño barco en el cual ban disfrasados los rocket, pero como siempre ellos se dan cuenta, derrepente les cae encima una tremenda ola la cual los ase caer a todos del barco.

El trio se ve forsado a llegar al castillo de Mewteo por cuenta propia.

Al llegar al castillo son resividos por la enfermera, que se extravio en la ciudad del muelle, ella no recuerda nada devido a que se encuentra bajo poder de Mewtwo, Bruck la reconose a primera vista, Mewtwo se presenta ante todos los entrenadores y les dice que los trajo para quitarles a sus pokemon y demostrar que los pokemon clonados son mejores que los originales.

Les demuestra un poco de su increible poder al controlar al sonso de Pikachu, luego de esto salen unas pokebolas negras que son capases de agarrar al pokemon con todo y pokebola, todos los pokemon se rresisten pero al final todos y hasta pikachu son atrapados, a esepcion de togepi, el cual queda guardado en la mochila de misty. Ash persigue a las pokebolas hata un laboratorio, en el cual ya estaba el equipo Rocket, en el laboratorio se estan clonando a los pokemons, son clonados por una maquina con muchas manos, esta maquina impresiona a James y a Jesse, Meowth se acerca a su clon y demuestra su ternura, Ash recupera a pikachu y a todos sus pokemons, pero la maquina fue capas de quitarle un pelo a pikachu y ya ha cido clonado.

Los clones salen de sus esferas en las cuales reposaban, comandados por Mewtwo, pero Ash llega con su ejercito de pokemons reales, Mewtwo inicia una batalla contra Ash para demostrarle que los clones son mas poderosos, Ash pierde contra los clones, pero derrepente llega Mew, el cual rescata a Ash, los dos Mew y Mewtwo deciden pelear y les quitan a todos los pokemon sus poderes, para que ellos tambien peleen, mientras sucede la batalla, los unicos que no quieren pelear son Meowth, Meowth clon y Pikachu, Meowth cuando va a pelear con su clon, comiensan a platicar y dicen que no tienen por que pelear que ellos son iguales que tienen hasta la misma sicatris y que seria una tonteria pelear, mientrastanto el clon de pikachu aporrasea al pobre pikachu y el no se defiende, Ash se llena de tristesa y trata de detener a los Pokemon, pero sin darse cuenta queda en la linea de fuego y es golpeado por el poder de Mew y Mewtwo

Todos los pokemons empiesan a llorar, y sus lagrimas reviven a Ash que se avia vuelto piedra, Mew le dice a Mewtwo que no tiene por que demostrar que es mas fuerte que los pokemon originales, le dice que la fuerza no esta en ser o no original, que la fuerza depende de uno mismo. Mewtwo comprende y borra la mente de todos para que olviden lo sucedido y el trio vuelve a el puerto y los rocket quedan en la isala en la cual estaba el castillo.