En el índice de apellidos probados en la orden de Carlos III, figuran entre otros, Gines de Hoyos, Mateo de Hoyos, José, Isabel y Rodrigo de Hoyos, Manuel de Hoyos Arce, y María Antonio de Hoyos Mier. Juan de Hoyos, nacido en el lugar de Villanueva, combatió a las órdenes del Emperador Carlos I en el siglo dieciséis. Su hijo Francisco, pasó a Nueva Granada, donde nació su nieto Antonio, en Santa Fe de Bogotá en 1595. Antonio fue Caballero de la Orden de Santiago en la que ingresó en 1624. En 1866 le confirieron el título de Marqués de Hoyos al Teniente General don Isodoro de Hoyos y Rubin de Celis, que llevó también los títulos de Marqués de Zornoza, y Vizconde de la Manzanera. 

Este linaje es levantino, concretamente de Valencia, ya que tuvo su origen en el lugar de Hoyos. Ahora bien, el apellido muy pronto se fue extendiendo por otros puntos de la península,con preferencia en la Merindad de Trasmiera y en el valle de Penagos. Se conserva testimonio de que muy pronto pasaron a las Indias, pudiendo encontrarse a varios de este apellido, concretamente a don Diego de Hoyos y don Manuel de Hoyos, entre aquellos que acompañaron a Hernán Cortés en las campañas de la conquista de Méjico. El primero encontró gloriosa muerte en la batalla de Otumba y el segundo se estableció en la capital mejicana, dando origen a la familia Hoyos en aquella nación.