São substâncias que geralmente não estão envolvidas
em funções vitais das plantas, geralmente não fazem parte do metabolismo básico e possuem características químicas muito variadas e às vezes bem complexa. Ao contrário das substâncias do metabolismo primário, que fazem
parte da atividade celular de praticamente todos os seres vivos, desde os organismos unicelulares até o homem, as substâncias do metabolismo secundário são encontradas apenas em grupos restritos - famílias ou gêneros – de
plantas. Existem alguns metabólitos secundários que são encontrados apenas em uma única espécie de planta!
Os produtos do metabolismo secundário constituem o que os químicos chamam de “produtos naturais”. Podem ser produzidos por plantas,
microrganismos, insetos e outros animais e muitos deles são extraídos e usados como remédios, corantes, perfumes, inseticidas... Ou constituem um modelo que o homem utiliza para sintetizar em laboratório substâncias com
as mais diversas propriedades.
Durante muito tempo, acreditou-se que os metabólitos secundários fossem produzidos sem uma função específica, simplesmente como produtos finais das reações. Chegaram a ser considerados até
como anomalias. Essa visão mudou radicalmente e a cada dia descobre-se um pouco mais sobre a função dessas substâncias, sua utilidade para o desenvolvimento fisiológico das plantas e seu papel como mediadores das interações
entre as plantas e outros organismos.
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